Di tahun 2000 ini pula toyota menambah pilihan mesin bensin 4-silinder berkapasitas 2.000 cc.
Pada 2002, kembali Toyota Kijang Kapsul mengalami facelift kedua.
Ubahan terjadi pada gril, lampu depanbelakang, bumper depan lebih panjang, serta interior beige untuk varian SGX, LGX dan Krista.
Model ini merupakan angkatan terakhir Kijang Kapsul sebelum digantikan oleh Kijang Innova pada 2004.