Tujuh bulan setelah diluncurkan, PT Toyota Astra Motor (TAM) merilis Avanza tipe terbaru, yaitu tipe S dengan transmisi otomatis 4 percepatan.
Kapasitas mesin masih sama dengan tipe sebelumnya, namun sudah mendapat penyempurnaan.
Kode mesin berubah menjadi K3-VE DOHC 16 katup 1.300 cc yang sudah mengusung teknologi VVT-i (Variable Valve Timing-intelligent).
Di samping itu, sisi keselamatan Avanza mendapat peningkatan dengan hadirnya ABS (Antilock Braking System) pada sistem pengereman.
Juli 2006
Merupakan facelift perdana dengan penyegaran grille dan bumper depan, lampu belakang serta warna interior.
Di sini, Avanza 1.3 manual tipe E dan G sudah menggunakan mesin berteknologi VVT-i.
Oktober 2006