Setelah beberapa waktu akhirnya tahun 2000, Suzuki melakukan penyegaran pada Shogun dengan meluncurkan versi barunya. Desain bodi makin ramping dan aerodinamis.
Menurut beberapa pengguna, mesin di Shogun R ini sudah tidak 'segalak' versi Shogun Kebo. Warna yang cukup populer di Shogun R adalah hijau.
Seperti sebelumnya empat tahun berselang, Shogun kembali merubah bentuk shogun. Tidak hanya ganti tampang, Shogun juga berganti mesin dengan isi silinder lebih besar yaitu 125 cc sedangkan kelas 110 cc diisi oleh Suzuki Smash.
(BACA JUGA: Flashback Motor Sport Suzuki 250 Cc Berknalpot Dua)
Desain lampunya jauh lebih keren dengan bohlam ganda. Berbagai fitur pun disematkan, sebut saja pengaman kunci magnet dan bagasi luas.
Shogun 125 SP
Setahun setelahnya pada 2005, Shogun tersedia versi sportinya. Berlabel Shogun 125 SP (Sport Production), motor ini ternyata punya banyak ubahan.