YZF-R3 sendiri menggendong mesin 321 cc, 2 silinder 4-tak DOHC.
Mesin ini menghasilkan tenaga sebesar 42 dk di putaran 10.750 rpm dan torsi 29,6 Nm pada 9.000 rpm.
Pabrik Yamaha di Pulo Gadung akan menjadi satu-satunya pabrik di dunia yang memproduksi R25 dan R3.
Dari pabrik tersebut Yamaha Indonesia menargetkan angka ekspor sebesar 400.000 unit per tahun dengan model lain seperti NMAX, XMAX, Jupiter MX dan Mio turut diekspor.